Bin in das späte 23. Jahrhundert war die San Francisco Flottenwerft die wichtigste Konstruktions- und Wartungseinrichtung für Sternenflottenraumschiffe. In den kommenden Jahrzehnten wurde es aber immer mehr von größeren Werften wie z.B. Utopia Planetia abgelöst. Trotzdem werden die Einrichtungen dieser Werft von Anbeginn der Föderation bis in das 24. Jahrhundert weiterhin genutzt. Der bekannteste Teil der Werft ist die McKinley Station.

Raumschiffe werden hauptsächlich in den Trockendock-Einrichtungen gebaut, die mit der Werft verbunden sind. Es handelt sich dabei um große orbitale Servicestrukturen mit einem spinnennetzartigen Gitterwerk, das die darin angedockten Schiffe umgibt. Das Design des Trockendocks ermöglicht den Techniker während der Konstruktion oder der Reparatur ständig leichten Zugang zu jeder Schiffssektion.

Das Raumdock im Inneren der Starbase 1 ist eine weitere bekannte Einrichtung der Werft.

Eines der bekanntesten Schiffe die in der San Francisco Flottenwerft gebaut wurde ist die USS Enteprise der Constitution Klasse. Aber auch viele andere bekannte Schiffstypen wurden in dieser Werft konstruiert. Die Sovereign Klasse ist nur ein Beispiel.