Die Raumstation Terok Nor wurde im Jahr 2346 von bajoranischen Sklaven im Auftrag der cardassianischen Besatzer gebaut und diente ursprünglich der Erzverarbeitung. Als sich 2369 die Cardassianer aus dem System zurückzogen, übernahm die bajoranische Übergangsregierung die Station und beauftragte die Föderation mit der Verwaltung. Daraufhin kam ein Team der Sternenflotte auf die Station um sie wieder aufzubauen. Die Cardassianer hatten nämlich beim Abzug alle wichtigen Systeme zerstört. Die besagten Offiziere waren Commander Benjamin Sisko, Wissenschafftsoffizier Jadzia Dax, Chefarzt Dr. Julian Bashir, Chefingenieur Chief Miles O'Brien und viele andere Offiziere. Commander Sisko übernahm das Kommando über die nun in "Deep Space 9" umbenannte Station. Sein 1. Offizier wurde der bajoranische Verbindungsoffizier Major Kira Nerys - eine Widerstandskämpferin aus der Zeit der Besatzung.

Kurz nach dem Einzug der Föderation wurde im Denorius Gürtel des bajoranischen Sektors ein stabiles künstliches Wurmloch entdeckt, dass in den Gamma-Quadranten müdet. Die "Bewohner" dieses Wurmlochs sind körperlose Wesen die von den Bajoranern als Götter verehrt werden. Da Commander Sisko dieses Wurmloch entdeckte, wurde er von nun an von den Bajoranern als "Abgesandter" verehrt.

Da die Föderation und die Bajoraner nun planten laufend Expeditionen in den bisher unerreichbaren Gamma-Quadranten zu schicken wurde Deep Space 9 mit Hilfe der stationären Antriebselemente beim Wurmloch positioniert. Zum einem um Expeditionen besser zu organisieren aber auch um es zu bewachen und bei eventuellen feindlichen Angriffen es zu beschützen. Aber nicht nur Forschungsteams der Föderation und anderer Völker des Alpha/Beta-Quadranten sondern auch fremde Spezies aus dem Gamma-Quadranten kamen durch das Wurmloch. Dadurch wurde Deep Space 9 innerhalb kürzester Zeit eine stark frequentierte und multikulturelle Einrichtung.

Im Dominion Krieg in den 70er Jahren des 24. Jahrhunderts gewann Deep Space 9 vor allem an strategischer Bedeutung. Die bisher auf den Gamma-Quadranten beschränkte feindliche Gruppierung "Dominion" verbündete sich mit dem cardassianischen Reich und begann einen Krieg mit der Föderation und den Klingonen. Das Ziel war die totale Machtübernahme des Alpha- und Beta-Quadranten. Kurz bevor die cardassianische und die Dominion Flotte 2373 die Station angriffen und in der Folge übernahmen konnte um das Wurmloch ein Feld mit selbstreplizierenden Minen aufgebaut werden. Jedesmal wenn ein Schiff durch das Wurmloch kam wurde es zerstört. So konnten Truppenbewegungen durch das Wurmloch verhindert werden. Die Cardassianer und das Dominion dass sich schon im Alpha-Quadranten befand baute jedoch das Feld wieder ab. Dies erwies sich durch die Tatsache, dass sobald eine Mine zerstört wird die Nachbarmine sofort wieder einen neue replizierte als extrem schwierig und langwierig. Kurz bevor sie es aber schafften eroberte eine vereinte Flotte der Föderation und der Klingonen die Station wieder zurück.

Auch nach dem Krieg der 2376 durch einen Friedensvertrag beendet wurde bleibt Deep Space 9 eine der wichtigsten Außenposten der Föderation. Wie ein Fels in der Brandung beschützt sie auch weiterhin das Wurmloch und kontrolliert den Völkeraustausch zwischen den beiden Bereichen der Galaxie und ermöglicht dadurch Kommunikation - Völkerverständigung auf höchster Ebene - damit die Galaxis zusammenwachsen kann und Kriege nicht nur auf der Erde sondern auch im gesamten Universum verhindert werden können.