Neben der politischen Führung existiert auf Bajor noch eine zweite wichtige Führungsinstanz - die Kai und die Vedek Versammlung. Kai Opaka war als geistliches Oberhaupt in der bajoranische Religion die einzige Person die alle Bajoraner erreichen konnte und auf die alle hörten. Als sie jedoch während dieser schweren Phase im Gamma Quadranten auf einem fremden Planeten abstürzte, verstarb mit ihr die letzte Chance auf eine Beruhigung der politischen Situation.

Liberale und konservative Gruppen kämpften danach um die Macht und auf Bajor bildeten sich immer mehr poliitische Splittergruppen die in Aufständen gegen die provisorische Regierung kämpften. Eine großer Teil der Minister korrumpierte und stuften die eigene Macht höher ein als das Wohl des Volkes.

Eine Splittergruppe die in dieser Zeit für Aufsehen sorgte waren die "Khon ma". Diese Terrorgruppe bestand aus ehem. Widerstandskämpfern die bei ihrem Kampf gegen die Cardassianer einen Schritt weiter gingen und auch nach dem Rückzug der Besatzer weiter gegen ihre Feinde kämpften. Aber nicht nur Cardassianer waren ihr Ziel sondern auch Bajoraner die für das Friedensabkommen mit den ehem. Besatzern waren. So ermordeten die "Khon ma" im Jahr 2369 unter anderem einen Minister der provisorischen Regierung der eine liberale Politik vertrat.

Eine der wichtigsten und gefährlichsten Splittergruppen war aber die "Allianz der globalen Einheit" - auch "Der Kreis" genannt - die Ende 2369 aktiv wurde. Diese rechts gerichtete Organisation deren Anführer Minister Jarval war, kämpfte für eine totale Befreiung Bajors von allen andern Mächten und wollten die Föderationspräsenz im bajoranischen Sektor beenden.

Mitten in dieser Zeit der Unruhen holte Major Kira Li Nalas nach Bajor zurück. Dieser ehem. Kriegsgefangene hatte während der Besatzung einen wichtigen Sieg gegen die Cardassianer errungen und ist so zum Held des Widerstands geworden. Nun sollte Li ein symbolisches Oberhaupt in der provisorischen Regierung werden um ein Zeichen der Einheit zu setzen in der gespalteten Bevölkerung. Doch der konservative Minister Jarval setzte ihn stattdessen als Verbindungsoffizier auf Deep Space 9 ein damit er ihm nicht im Weg ist und er in den Unruhen die Regierungsgewalt leichter übernehmen kann.

Aufgrund der hohen Macht die der Kai über das bajoranische Volk hat reichte es für Minister Jorval nicht mit dem Kreis die Regierung zu übernehmen. Da der damalige Spitzenkandidat für den Posten des Kai - Vedek Bareil - eine eher liberale Einstellung vertritt, wandte sich Jorval an die konservative Vedek Winn und überredete sie sich auf seine Seite zu stellen. Er versprach ihr, er mache sie nach seiner Machtübernahme zum Kai und sie solle ihm dafür öffentlich ihre Loyalität erklären. Damit wollte er sich die absolute Macht über die religiösen Bajoraner sichern.

Währenddessen wurde die Situation auf dem Planeten immer kritischer. "Der Kreis" verübte immer mehr Anschläge und das Militär wurde in die Hauptstadt berufen um solche Anschläge zu verhindern. Doch Teile des Militärs sympathisierten mit den Aktivisten und verhinderten so ein ausforschen der Terroristen auf breiter Ebene.

Quark und Constabel Odo fanden darauf heraus, dass die Cardassianer hinter den Waffenlieferungen an den Kreis steckten. Diese leiteten verdeckt über Krisari-Händler die Waffen weiter um so einen Bürgerkrieg auf Bajor zu erreichen. Wenn "Der Kreis" dann an die Macht kommt und die Föderation gezwungen wäre den Sektor zu verlassen könnten die Cardassianer wieder in den bajoranischen Raum eindringen und es erneut annektieren.

Kurz darauf wurde die Sternenflotte von der immer stärker werdenden Putsch-Partei gezwungen sich aus dem Sektor zurückzuziehen und DS9 wurde unter die Kontrolle von Generel Krim vom bajoranischen Militär gestellt der ebenfalls mit dem Kreis sympathisierte und eine "Bajor für die Bajoraner"-Politik vertrat. Capt. Sisko und einige andere Offiziere der Sternenflotte versteckten sich jedoch auf der Station um die Übernahme zu erschweren. Zur gleichen Zeit flogen Major Kira und Ltd. Dax zur Kammer der Minister und legten einen Beweis vor, der die Beteiligung der Cardassianer an dem Bürgerkrieg belegte. Darauf wurde Deep Space 9 wieder unter die Kontrolle der Föderation gestellt und der Putsch beendet. Die politische Lage auf Bajor blieb aber weiterhin angespannt.
 

Referenzfolgen:
DS9 - Die Khon ma
DS9 - Die Heimkehr
DS9 - Der Kreis
DS9 - Die Belagerung